Origine familiale
Les origines de Clotilde remontent fort loin. « Estienne » par les Balthes et « norvégienne » par les Burgondes, elle faisait partie d'une famille royale des bords de la mer Baltique entrée dans un clan visigoth lors d'une soumission des Estes aux Goths.
Elle est la fille du roi burgonde Chilpéric II, fils du roi Gondioc et frère de Gondebaud, Godegisile et Gondemar, et de Carétène (ou Agrippine).
L'enfance et la jeunesse de Clotilde se déroulent à la cour burgonde sous les règnes de Gondioc, mort dans les années 470, puis de Chilpéric Ier, mort vers 480, puis sous le règne conjoint des quatre fils de Gondioc.
Deux d'entre eux, Gondemar et Chilpéric II, père de Clotilde, disparaissent durant les années 480, laissant la place à Gondebaud et Godegisile, seuls rois des Burgondes dans les années 490. Cette disparition de deux des frères est l'objet d'un certain nombre d'interrogations.
Reine des Francs
Clotilde épouse Clovis vers 493 à Soissons, et devient sa seconde épouse. La rencontre aurait eu lieu à Villery (Villeriacum) à quatorze kilomètres au sud de Troyes, sur la voie romaine.
En dépit d'une époque manquant de sources écrites, la vie de Clotilde en tant que reine des Francs était parfois mentionnée en détail dans une biographie de saint Remi de Reims écrite avant que saint Grégoire de Tours ne naisse et citée fréquemment par ce dernier, de laquelle la plupart des renseignements sont adoptés par les historiens contemporains. La reine chrétienne était donc effectivement protégée par cet évêque et conseiller.
Selon Grégoire de Tours, elle a exercé une influence pour l'amener au baptême. Avant cet événement, dont la date n'est pas connue avec une absolue certitude, elle prend même l'initiative de faire baptiser ses deux premiers fils sans prendre l'avis de son époux. Le premier, appelé Ingomer, meurt immédiatement après le baptême. Grégoire de Tours rapporte que le roi en éprouve de l'amertume et en fait le reproche à la reine. La même chose faillit arriver après la naissance de Clodomir (vers 495), mais ce dernier se rétablit. Le couple a d'autres enfants, d'abord deux fils, Childebert (vers 497) et Clotaire (vers 498), puis une fille, Clotilde, qui sont tous baptisés et parviennent à l'âge adulte.
Grégoire de Tours raconte que, au cours de la bataille de Tolbiac, Clovis invoqua le Dieu de Clotilde (Jésus) en lui promettant que, s'il était vainqueur, il se convertirait.
Le baptême du roi Clovis accompagné de 3000 guerriers et de ses deux sœurs Alboflède et Lanthechilde fut célébré lors d'un Noël, vraisemblablement entre 496 et 499.
Clovis et Clotilde résident le plus souvent à Clichy, Épineuil, Chelles, Rueil ou Bonneuil. Après sa victoire de Vouillé sur les Visigoths en 507, le roi fait de Paris sa capitale.
Avant que Clovis ne meure en 511, le couple souverain avait fait bâtir la basilique des Saint-Apôtres sur la rive gauche de la Seine, où le roi fut inhumé.